Si le Parc national de Port-Cros est un territoire, c’est aussi un établissement public à caractère administratif, sous la tutelle du Ministère de la Transition écologique. Il est rattaché depuis le 1er janvier 2018 à l'Office Français de la Biodiversité (anciennement Agence Française pour la Biodiversité), avec les 10 autres parcs nationaux français : la Vanoise, les Pyrénées, les Cévennes, les Ecrins, le Mercantour, la Guadeloupe, la Réunion, la Guyane, les Calanques et forêts.