Tout comme la réserve intégrale du Lauvitel (Parc national des Écrins), ou celle du Parc national du Mercantour, la réserve intégrale des îlots de Port-Cros a pour objectif principal « l’étude d’écosystèmes et de taxons peu soumis à l’activité anthropique », permettant le suivi de la dynamique naturelle d’écosystèmes insulaires méditerranéens aussi peu perturbés que possible par les activités humaines.
En effet, les îlots satellites de Port-Cros, difficiles d’accès et assez peu fréquentés depuis des décennies, ont pu être classés en catégorie 1a (aire protégée à vocation scientifique) de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN).
La réserve intégrale est aussi intégrée dans la zone spéciale de conservation «Rade d'Hyères » (FR9301613) et la zone de protection spéciale « Îles d’Hyères » (FR9310020 ) du réseau européen Natura 2000.
Les espaces protégés non perturbés par l’activité humaine sont devenus extrêmement rares sur le territoire métropolitain français, l’enjeu scientifique est ainsi très fort. C’est pourquoi, la gestion de la réserve intégrale, assurée par le Parc National de Port-Cros, se veut très rigoureuse : interdiction de pénétration et de circulation des personnes, interdiction de travaux et d’activités, etc. sauf bien évidemment pour la réalisation d’études scientifiques autorisées par le Conseil scientifique de l’établissement. En effet, celui-ci donne son avis sur les études scientifiques à mener et leurs conditions d’application.
Cet « espace laboratoire », dont les îlots sont aussi des « îles sentinelles » du réseau des « Petites îles de Méditerranée » (PIM), notamment l‘île de Bagaud qui constitue un site pilote pour l'étude du changement global car protégé des impacts anthropiques directs (aménagement, fréquentation humaine, espèces introduites, prélèvements, etc.), il est possible d'y étudier les impacts humains indirects (pollution atmosphérique, changement climatique, etc.).
Ces îlots font l’objet d’un plan de gestion particulier, approuvé par le Conseil scientifique de l’établissement.